2009ஆம் ஆண்டு மே 18ஆம் திகதி இடம்பெற்ற இறுதிக்கட்ட போரில் பிரபாகரன் உயிரிழந்து விட்டதாக இலங்கை இராணுவம் அறிவித்துள்ளது. மேலும், இவர் உயிரிழந்தமைக்கான ஆதாரம் தம்வசம் உள்ளதாக இலங்கை இராணுவ ஊடகப்பேச்சாளர் பிரிகேடியர் ரவி ஹேரத் தெரிவித்தார். இதேவேளை, தமிழீழ விடுதலைப் புலிகளின் தலைவர் வேலுப்பிள்ளை பிரபாகரன் நலமுடன் உள்ளார் என்று உலக தமிழர் பேரமைப்பு தலைவர் பழ. நெடுமாறன் கருத்து தெரிவித்திருந்த நிலையில், இந்த தகவலை இலங்கை இராணுவம் வெளியிட்டுள்ளது.